九龙江北溪水质生态监测系统是在现有水质环境自动化监测的基础上增加了水生态自动监测系统与巡逻艇走航监测系统，能够对各站点及巡逻船传回的淡水藻类类群和水质多参数进行高频率监测，并准确、直观地在首页进行数据展示。针对数据亦可生成实时数据看板及日、月、年三个条件的信息报表，提供多维度地数据汇总。针对误差数据，系统采用制定数据规则及批量质控的方式提供手自一体的多元质控。本系统运用于九龙江北溪水生态环境与藻华的快速监测与评估，为保障流域水资源与供水安全提供了有力的技术支撑。目前已在福建省九龙江北溪水资源调配中心试运行。